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发布日期：2024-07-03 16:44 点击次数：179
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M：用于描述reads数，G：用于描模本次测序赢得的碱基总额。测序公司给你的文献时时是压缩的fastq体式，内部有read ID号，有碱基，有每个碱基的质地。上述提到的Reads指的是高通量测序仪一次测序所赢得的碱基序列，由一连串碱基ATCGATCG等组成，它并不是基因组的组成部分。不同的测序仪器，reads长度也有所不同。那么为什么不同的测序仪器，reads长度也有所不同？因为二代测序的读长才调是有限的。二代测序基本上皆是基于DNA团聚酶的延迟将带有荧光基团的dNTP加到模板上，通过一个个的互补配对将序列次第读取出来。Illumina和华大测序仪皆是交流旨趣。在延迟了一段时辰后，团聚酶的活力就会大大镌汰，作假率也会越来越高。行动假率高到不可容忍的时候，就必须罢手测序反馈。是以就有了不息推出的单端SE50、SE100、SE150、SE250以及双端的PE50、PE100、PE150、PE300，也就意味着，测序仪不错限度读取长度的，仪器会顺着DNA一个碱基一个碱基的读取，在机器运行测序前，不错缔造读取的轮回数，举例100Cycle.那么NGS测序仪就会读取100个碱基，即SE100。 然而现在来讲，由于本身措施的局限性（包括酶的失活，阻断基团切割的落幕等等皆会导致测序质地跟着测序长度不可逆地镌汰）仍然难以冲突。这也便是二代够不上一代测序的长度，更不可能到三代的长度。是以文库的构建，插入长度（insert length， ins_length）要摈弃在一定限制内（300~500bp），虽然这时候片断长度仍具有就地性，也不成100%保证。以PE150来说：1、关于长于300bp的序列，辽宁能主棉类有限公司无法测通， 浙江耀锋动力科技有限公司会给出序列两头长150bp的reads， 广东省南海纺织品进出口有限公司中间莫得overlap；2、关于150-300bp的序列，不错测通，会给出序列两头长150bp的reads，中间有overlap；3、关于短于150bp的序列，它会测到头没了，这时候再拍照这个地方是黑的，奈何办？测序仪会记载为N或者聚拢的A/G，是以一些reads的末尾全是N（也即无法细目有用碱基）。这时候仍会给出两个长度150bp的reads，双结尾的reads去掉末尾N是反向互补的。测序数据量是奈何来的在基因组层面上，测序主要不错分为三大类：全基因组测序（whole-genome sequencing，WGS）、全外显子组测序（whole-exome sequencing，WES）、靶向测序（targeted sequencing或panelsequencing）。图片
青铜峡市静科催化剂有限公司各检测决议暗示图（Klein CJ.et.al. Mayo Clin Proc.2017）最初明确三个认识图片
其一测序深度（Sequencing depth）指测序得到的碱基总量（bp）与场合基因组大小的比值，即测序深度=数据量大小 / 场合基因组大小。或者相识为场合基因组区间内中每个碱基被测序到的平均次数，如测序数据量为1G，测序的基因组大小为1M，联系我们那么测序深度为1G/1M=1000×。其二测序粉饰度（Sequencing coverage） 指测序赢得的序列占通盘基因组的比例。或者不错相识为场合基因组上至少被检测到1次的区域（或者是碱基），占通盘基因组的比例。 由于基因组中的高GC、访佛序列等复杂结构的存在，测序最终拼接拼装赢得的序列时常无法粉饰有所的区域，这部分莫得赢得的区域就称为Gap。举例一个细菌基因组测序，粉饰度是98%，那么还有2%的序列区域是莫得通过测序赢得的。 测序深度与基因组粉饰度之间是一个正磋商的联系，测序带来的作假率或假阳性落幕会跟着测序深度的培植而下落。其三拿获落幕（Capture efficiency）指的是比对到参考基因组中场合区域的数据量占比对到参考基因组上总额据量的比例。拿获落幕越高，讲解有用数据比例高。比如一个Panel大小为3M，测序共产出3G数据。关于Panel大小大于1M的文库来说，拿获落幕时常在60%支配，也即测序得到的数据有60%是所需的数据，则在场合区域的数据为3G*60%=1.8G。轻视臆想测序深度=1.8G/3M=600乘（X）。是以，关于关于这个Panel大小为3M，数据产出为3G的文库来说，测序深度能够为600乘。这个测序深度指的是原始平均测序深度。图片
细目了测序深度，测序数据量就很好臆想了。数据量大小=测序深度*基因组大小。 一般来说，淌若针对东说念主的WGS，老例测序数据量是90G，测序深度30x；WES的话，则是10G，测序深度100x；靶向测序的话，视panel大小、测序深度等而定。那么，问题来了：为什么是90G或10G？测序深度又为什么是30x或100x？......东说念主体基因组的大小约为30亿个碱基对，即3000Mbp。通过单元换算，便是3G。东说念主体全外显子组毛糙30M，约占全基因组的1%。图片
东说念主体约有39000多个基因，平均的基因大小有27kbp。问题1：东说念主WGS的测序数据量为什么是90G，测序深度30x？回话：WGS的宗旨是准确检测个体间的变异情况，寻找变异与疾病及表型之间的联系。因此，变异的精准度和贤达性成了检测变异的两个窒碍的磋商。由于测序存在着不可幸免的系统作假，每一个位点唯有在实足的reads扶助下才能确保正确性。在SNP calling（识别）中，检测出一个SNP位点最起码需要4条reads。4X以上的平均测序深度是数据量是否实足的一项窒碍磋商。在30X的时候，大于4X的比例达99.21%，并趋于饱和，与粉饰度接近。基于此，若要进行东说念主的WGS，测序数据量便是30x*3G=90G。 问题2：东说念主WES的测序数据量为什么是10G，测序深度100x？关于WES而言，在建库经过中需要通过杂交拿获关节得到外显子序列。常用的外显子组探针如Aglient V6，拿获落幕介于60%~70%之间，探针大小为60M。为了保证大部分的区域有实足的粉饰倍数，需提高测序深度。探求显露，WES念念要赢得与WGS交流的粉饰限制，粉饰89.6-96.8％的场合碱基，需要测到80x。一般提倡测序深度达到100x。是以WES测序数据量=100x*60M/60%=10G。总的来说图片
其中，panel测序有两种时刻旨趣：杂交拿获测序和多重扩增子测序。全外是基于序列杂交旨趣终了的。 参考二代测序的读长为什么是固定的？- 知乎 (zhihu.com) Klein CJ， Foroud TM. Neurology Individualized Medicine: When to Use Next-Generation Sequencing Panels. Mayo Clin Proc. 2017 Feb;92(2):292-305. doi: 10.1016/j.mayocp.2016.09.008. PMID: 28160876.生信路漫漫 | 测序数据量是奈何来的？- 知乎 (zhihu.com)全外测序（WES） - 知乎 (zhihu.com) 本站仅提供存储事业，通盘实质均由用户发布，如发现存害或侵权实质，请点击举报。上一篇：没有了
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